Suite aux grandes épidémies du milieu du xvi^e siècle, le hameau de Saint Martin de Peyrissac (le village initial) et son lieu de culte furent abandonnés progressivement.
On dénombrait à Thémines plusieurs églises ou chapelles qui furent situées à plusieurs endroits dans la commune.

La plus ancienne fut la chapelle Saint Génulphe du nom du premier évêque de Cahors qui est enregistrée dans les rentes du chapitre de Cahors. Elle se situait au lieu-dit appelé la Madeleine. Elle fut rebaptisée Sainte Madeleine, vraisemblablement au xii^e siècle, suite à une épidémie de lèpre. D’ailleurs dans le compoix de 1673, on trouve bien un lieu appelé la « Malaudy naute » qui désigne la léproserie. Elle se situait à Peyrissac.

L’église de Saint Martin, Ranulphe qui fonda le monastère de Fons (972) la cite dans son testament où il la dit de qualité abbatiale. Elle était dépendante de l’abbaye de Figeac. Elle se situait sur le lieu-dit du même nom. Elle fut l’église principale de la paroisse de Thémines jusqu’à sa démolition par les protestants. Au cours de la récupération des pierres de cet établissement il fut découvert une clé de voûte gravée du x^e siècle.
Une chapellenie fut fondée en 1329 dans l’église de Saint Martin de Peyrissac par un ancêtre du seigneur de Lomagne du Port, Raymond de Roque, originaire de Cardaillac. Le testament stipulait qu’il ne serait affecté à cette chapellenie que des prêtres provenant du village de Cardaillac.

Le village de Saint Martin de Peyrissac, qui se trouvait à côté de l’église, fut entièrement décimé par la peste au milieu du xvi^e siècle. Sur le chemin de cette ancienne église se trouve une fontaine qui avait comme particularité de guérir les jeunes enfants chétifs atteints du mal de Saint-Martin. On peut encore la voir car elle a été restaurée.

La chapelle castrale de Saint-Eutrope se situait entre la halle et le cimetière. Elle devint l’église principale quand l’église de Saint-Martin de Peyrissac fut détruite jusqu’à la construction de l’église actuelle.

Après la Révolution la chapelle castrale se dégrade et au début du xix^e siècle elle est devenue dangereuse. Une restauration est tout d’abord envisagée puis en 1841 le conseil municipal décide de construire une nouvelle église devant laquelle vous vous trouvez. En mémoire de l’ancienne paroisse, elle est consacrée à Saint Martin. Sa construction dura de 1841 à 1845. L’unique cloche, récupérée de la chapelle castrale, fondue par les consuls et les habitants de Thémines en 1616, sonnant le sol et s’appelant Marie se fêla le 1^er novembre 1895. Elle fut refondue et on rajouta deux autres cloches, Catherine qui sonne le do et Anne-Louise qui sonne le mi.

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